Fakultas Seni Rupa ISI Yogyakarta mempunyai 4 sub bagian yaitu:
- Sub Bagian Pendidikan
- Sub Bagian Kemahasiswaan
- Sub Bagian Keuangan dan Kepegawaian
- Sub Bagian Umum dan Perlengkapan
dimana masing masing sub bagian memberikan pelayanannya sesuai dengan tugas pokok dan fungsinya.
