Fakultas Seni Rupa ISI Yogyakarta mempunyai 4 sub bagian yaitu:

1. Sub Bagian Pendidikan
2. Sub Bagian Kemahasiswaan
3. Sub Bagian Keuangan dan Kepegawaian
4. Sub Bagian Umum dan Perlengkapan

dimana masing masing sub bagian memberikan pelayanannya sesuai dengan tugas pokok dan fungsinya.