Fakultas Seni Rupa (FSR) ISI Yogyakarta memiliki empat jurusan, yaitu :
- Jurusan Seni Murni
- Jurusan Kriya
- Jurusan Desain
- Jurusan Tatakelola Seni
serta memiliki tujuh Program Studi yaitu
- Prodi Seni Rupa Murni
- Prodi Kriya Seni
- Prodi Batik dan Fashion
- Prodi Desain Interior
- Prodi Desain Komunikasi Visual
- Prodi Desain Poduk
- Prodi Tata Kelola Seni