Fakultas Seni Rupa ISI Yogyakarta memilik lima Program Studi, yaitu
- Program Studi S-1 Seni Murni
- Program Studi S-1 Kriya
- Program Studi D-3 Batik dan Fashion
- Program Studi Disain Interior
- Program Studi Disain Komunikasi Visual
- Program Studi Tatakelola Seni
- Program Studi Desain Produk
Fakultas Seni Rupa (FSR) ISI Yogyakarta memiliki empat jurusan, yaitu
- Jurusan Seni Murni
- Jurusan Seni Kriya
- Jurusan Desain
- Jurusan Tatakelola Seni
serta memiliki empat Program Studi yaitu
- Prodi Batik dan Fashion,
- Prodi Desain Interior
- Prodi Desain Komunikasi Visual
- Prodi Desain Poduk .
Ketujuh Program Studi tersebut merupakan unsur-unsur yang mempunyai hubungan hirarkhis (taksonomis) yang bersumber pada bidang ilmu seni rupa, tetapi masing-masing mempunyai kekhasan pada konsep, fungsi, terapan, motivasi penciptaan, bentuk, maupun material dan tekniknya. Dengan kata lain, Prodi-prodi itu merupakan ranting atau unsur taksonomi dari cabang seni rupa, dan tumbuh dari pohon ilmu seni.
