Fakultas Seni Rupa (FSR) ISI Yogyakarta memiliki empat jurusan, yaitu :
1. Jurusan Seni Murni
2. Jurusan Kriya
3. Jurusan Desain
4. Jurusan Tatakelola Seni
serta memiliki tujuh Program Studi yaitu
1. Prodi Seni Rupa Murni
2. Prodi Kriya Seni
3. Prodi Batik dan Fashion
4. Prodi Desain Interior
5 Prodi Desain Komunikasi Visual
6. Prodi Desain Poduk
7. Prodi Tata Kelola Seni
Jl. Parangtritis Km. 6,5 Sewon
Bantul, Yogyakarta