Fakultas Seni Rupa (FSR) ISI Yogyakarta memiliki empat jurusan, yang merupakan unsur-unsur yang mempunyai hubungan hirarkhis (taksonomis) yang bersumber pada bidang ilmu seni rupa, tetapi masing-masing mempunyai kekhasan pada konsep, fungsi terapan, motivasi penciptaan, bentuk, maupun material dan tekniknya