Fakultas Seni Rupa ISI Yogyakarta memiliki empat jurusan, yaitu Jurusan Seni Murni, Jurusan Seni Kriya, Jurusan Desain dan Jurusan Tatakelola Seni serta memiliki empat Program Studi yaitu Prodi Batik dan Fashion, Prodi Desain Interior, Prodi Desain Komunikasi Visual dan Prodi Desain Poduk . Jurusan dan Prodi tersebut merupakan unsur-unsur yang mempunyai hubungan hirarkhis (taksonomis) yang bersumber pada bidang ilmu seni rupa, tetapi masing-masing mempunyai kekhasan pada konsep, fungsi, terap-an, motivasi penciptaan, bentuk, maupun material dan tekniknya. Dengan kata lain, jurusan-jurusan itu merupakan ranting atau unsur taksonomi dari cabang seni rupa, dan tumbuh dari pohon ilmu seni.